Vakgroepen zijn de organisatorische eenheden per medisch specialisme die onderdeel zijn van het medisch specialistisch bedrijf. Het CMS Midden-Brabant bestaat uit de volgende vakgroepen/specialismen:

• Allergologie
• Anesthesiologie
• Cardiologie
• Chirurgie
• Dermatologie
• Gynaecologie
• Interne Geneeskunde
• KNO
• Longgeneeskunde
• MDL
• Medische microbiologie
• Neurochirurgie
• Neurologie
• Oogheelkunde
• Orthopedie
• Pathologie
• Plastische Chirurgie
• Radiologie
• Urologie