Vakgroepen zijn de organisatorische eenheden per medisch specialisme die onderdeel zijn van de coöperatie.
CMS Midden-Brabant bestaat uit de volgende vakgroepen/specialismen:

• Allergologie
• Anesthesiologie
• Cardiologie
• Chirurgie
• Dermatologie
• Geriatrie
• Gynaecologie
• Geboortezorg
• CVB
• Interne Geneeskunde
• Intensive Care
• KCHL
• Kindergeneeskunde
• Klinische-Fysica
• KNO
• Longgeneeskunde
• MDL
• Medische Microbiologie
• Medische Psychologie
• MKA-chirurgie
• Neurochirurgie
• Neurologie
• Oogheelkunde
• Orthopedie
• Pathologie
• Plastische Chirurgie
• Psychiatrie
• Radiologie
• Reumatologie
• SEH (Spoedeisende Hulp)
• Urologie
• Ziekenhuisapotheek